王扬祖安徽省西庆市枞阳县人，1937年6月出生。1960年毕业于哈尔滨工业大学给水排水专业，研究员，中共党员。1999年获国家政府特殊津贴。
　　1958年在校时任学生政治辅导员、系团总支副书记、给排水专业团分总支书记。
        1962年在原建工部北京工业建筑设计院工作，曾先后承担了某海军通讯基地、原航天工业部某火箭制造试验基地及第二汽车制造厂铸造分厂等项目的给排水工程设计。
　　1971-1985年在建设部中国建筑技术研究院先后任室主任、副所长、所长工作，组建了全国给排水技术情报网，开展了大量技术交流活动，并在《斜板斜管沉淀技术推广》、《民用建筑PVC下水管扩大试用》两个项目上分别获建设部科学技术进步二等奖和三等奖。
　　1986-1997年在国家环境保护局任副局长，分管污染控制与监督管理工作，组织召开了十余次全国性污染控制、环境监测、排污收费等方面的工作会议，组织制定的《淮河流域水污染规划及九五计划》获国家科学技术进步三等奖。曾先后九次率我国代表团出席《保护臭氧层维也纳公约》和《关于消耗臭氧层物质的蒙特利尔议定书》缔约国会议，组织制定了《中国消耗臭氧层物质逐步淘汰国家方案》，在联合国环境署保护臭氧层基金帮助下，我国消耗臭氧层物质总量从1997年开始减少，为此，获美国国家环保局《1997年平流层臭氧保护奖》和国家环保总局2003年《第一届保护臭氧层特别金奖》。1997年退休后还获国家环境保护局《金牛奖》。
　　1998年退休后，还先后担任过中国土木工程学会水工业分会副理事长、中国环境保护产业协会会长、中国城市科学研究会副理事长、中国基本建设优化研究会副会长等。
　　2006年任国家环保总局科学技术委员会委员、中国物资再生协会常委、进口再生资源工作委员会主任。
　　2007年再次获美国国家环保局《2007年保护臭氧层最佳之最奖》。